Sotto questo profilo incarnò efficacemente il modello dello scienziato positivista, che analizza induttivamente la realtà considerandone tutti i dati concreti e garantendo in questo modo l’applicabilità operativa delle soluzioni trovate. Compì studi sulla moneta e sul credito, sulla statistica criminale e sulla demografia. Lo stesso Cavour elogiò in Parlamento il suo libro «I prestiti pubblici». Oltre alla pubblicazione di testi, anche le prolusioni per l’apertura degli anni accademici furono per Messedaglia occasione di esposizione del suo pensiero: nel 1873 parlò a Padova de «La scienza nell’età nostra» facendo una sintesi dello stato della scienza a lui contemporanea. Da parlamentare produsse un’importante relazione sulla riforma del sistema dell’imposizione fondiaria, che trova ancora riscontro nell’attuale tassazione dei redditi agrari.