Negli anni successivi ricoprì la docenza universitaria anche a Padova e a Roma. Partecipe degli ideali risorgimentali, denunciò a Ricasoli il comportamento violentemente repressivo dei soldati austriaci contro la popolazione veronese dopo la liberazione del Veneto nel 1866.
Tra queste fila sedette in Parlamento come deputato del Regno tra il 1866 e il 1882.
In campo politico governativo, a Roma, fu molto apprezzato per le sue competenze specifiche in materia giuridica, tributaria e statistica per le quali gli fu anche chiesto di ricoprire la carica di ministro, che rifiutò per il suo temperamento schivo e più incline all’approfondimento degli studi.
si riposava colle traduzioni eleganti di Longfellow e di Moore…” . (*)
Tra le sue amicizie letterarie si annoveravano i veronesi Aleardo Aleardi e Caterina Bon Brenzoni mentre tra i letterati di fama più ampia fu in contatto con Carducci e Fogazzaro. Quest'ultimo nel 1902, ad un anno dalla morte dello studioso, espresse in un breve scritto tutta la sua stima per lui.
Membro di varie accademie italiane e straniere, fu presidente dell’Accademia dei Lincei fino al giorno della morte che avvenne a Roma nell’aprile del 1901.
La cittadina di Villafranca nel primo anniversario della morte pose un ricordo marmoreo di Messedaglia sulla sua casa natale, sita nell’edificio del caffè Fantoni sull’attuale corso Vittorio Emanuele.
Un consistente patrimonio documentario sullo studioso villafranchese è posseduto dalla Biblioteca Civica di Verona, cui è stato affidato dal nipote Luigi.